BLASTについて（２）

次世代シーケンサーでアセンブルしたcontigのblast検索を
いかに早く行うか？

現在は複数のパソコンにcontig配列を分けて計算。
比較的メモリとCPUコアがある場合は、同時に実行させている。
i7のノートパソコンが多数あるが、ハードディスクの温度上昇が
気になる。

GPUによる計算が興味もたれるが、まだBLASTPのみの対応。
１つはCUDA-BLAST。
今日、GPU-BLASTなるプログラムを見つける。

GPUチャレンジ2010実行委員会でのチーム 秋山研の
プログラムが気になるところ。