2010年11月22日月曜日

BLASTについて

ローカルな環境下におけるNCBIのblastの実行についての覚え書き

NCBIには従来のBLASTと新しくBLAST+がある。

次世代で出てきたcontigをBLASTになげるわけだが、
WindowsでBLASTを計算したときに比べて
BLAST+の計算が遅いように思える。

ベンチマークをとることにした。

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