Velvetについて

次世代で出力された100bpのデータのアセンブルを開始しました。
予定しているプログラムは、velvet、abyss、ray、MIRA、ｃｌｃ等です。

まずはvelvetから開始することに。
サンプルによりデータの品質が違うため、試行錯誤の状況。
最初にアセンブルしたデータは144Gbyteのメモリでも計算ができなかった。
ｖelvetは、メモリをたくさん必要とされるが、シングルリードのみの
１00bpのデータで、計算できないとなると今後が思いやられる感じがした。
結局、最初に使用したデータが余り良くないことで、あとのデータは
アセンブルが通った。

現在は、k値を大きくしてコンパイルし、実行中。
K=60付近が今のところ、contigの長さのmaxの値を出している。