denovo assemblerの比較

DeNovo　Assembler　についてまとめてみました。

最近ではmulti CPU(Core)を利用したソフトが出てきています。

single CPUとして、　Velvet

multi  CPUとして、　ABYSSとRay を使用して比較してみました。

データーは、慶應大学榊原研究室から登録されました納豆菌のデーターを使いました。

計算時間はvelvetが速いです。次いで、ABYSS、Rayでした。