Digital Normalizationについて

久しぶりの投稿になります。
個人的に目新しいネタがなかったもので。

NGSのデータ量が多く、アセンブルするのに必要なメモリが
足らないということはよくあります。

解決策としていろいろあるかと思います。

私がよく使っているRnnotatorでは、アセンブルする前に
重複配列を削除するパラメーターがあります。
そのあと、velvetもしくはOASESでアセンブルすることになります。

一方で、最近よく使用されているTrinityはメモリをたくさん使うことで有名です。
 Trinityでは、その解決策として、

TRINITY_RNASEQ_ROOT/util/normalize_by_kmer_coverage.pl

によるnormalizationがあるようです。

また、C. Titus BrownによるDigital normalizationがあります。

以下のサイトを参考にしてください。

http://ged.msu.edu/angus/diginorm-2012/index.html