NGSについて

以下のサイトをメモ代わりに


http://ivory.idyll.org/blog/open-problems-in-ngs.html


2年前からイルミナの機器と関わっていますが、
すぐにでもイルミナの機器は時代遅れになるかと危惧しました。
しかし、個人的にはいまだイルミナより良いと思える機器は出ていないと思います。
1000万から2000万円のNGSがでていますが、
GAIIｘを既に使用している身としては、
1回のランニングコストが高いこと以外は満足しています。

今は主にRNA-seqが多いですね。
モデル生物であれ、非モデル生物であれ
RNAの情報が一番有効に使えていると思っています。

非モデル生物では、denovoでトランスクリプトーム解析も当たり前となりつつ、
部位別などによる発現解析も可能かと思います。
先のサイトにあるように、まだ方法論が確定されていません。

市販のソフト（例えばCLC)による解析がよいのか、
WEBで出まわっているソフトが良いのかの、議論もあるとおもいます。

いまはおもにWEBでよく使われているソフトを使用しています。
そのほうが、良い面でも悪い面でもいろいろな情報が得られますので。