tophat

de novoアセンブリから、最近は既知ゲノム生物のmRNA読み取りと
そのTOPHATによる解析を始めました。
なかなか、手強いですね。
すんなり、計算結果が出るときと出ないときがあります。
Tophat２とBowtie２の組み合わせは、まだまだのような気がします。

非モデル生物のdenovoアセンブリとトランスクリプトーム解析と
あまり主流じゃない解析から手を染めました。
ようやく、Tophatなどによる解析をするようになりました。
今後は、メチル化の解析予定があります。