denovoトランスクリプトーム解析 １

現在、ゲノム解読されていない植物の
ｍRNAを次世代シークエンサーで読み取っている。

主に、二次代謝産物の生合成の解析を行っている。

de novoのアセンブルを行うわけで、いろいろなソフトを試している。

現在、一番良さそうなのがRnnotator。
次に、OASES、Trinityという結果が得られている。
Velvetもｋ値によっては、良い結果を出している。

植物種によって違うが、ABYSS、CLCは思ったより良いシークエンスが得られていない。

Illumina　GAIIxで1レーン、100bpの読み取りで、十分良いデータが得られている。