CUDA BLAST をインストールする際のメモ
GPU GeForce GTX 260
ドライバーはNVIDIAのサイト
http://www.nvidia.co.jp/Download/index.aspx?lang=jp
からlinux 64bit版をダウンロードし、インストールは、CUIで行う。
次に、CUDA Toolkitを
http://developer.nvidia.com/object/cuda_3_1_downloads.html#Linux
からダウンロードし、同様にCUIでインストールを行う。
CUDA SDKも行う。
GPU Computing SDK code samplesとあるところ
約200Mほどある。
次に環境変数の設定を行う。
export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
いくつかエラーが出ながらも、マニュアルとにらめっこでインストール終了。
CUDA_BLASTも最終的にはインストールできた。
エラーの大部分は前述の環境変数の設定ミスと思われる。
NCBIから最新のタンパクデータをダウンロードする。
UDA-formatdbはFASTA形式をコンバートするので、
DBフォルダの下にあるFASTAフォルダのnr.gzを
ダウンロードする。
解凍することで6.1Gに。
./CUDA-formatdb ./data/nr
でformatする。
実際に
